Program Tahfidz di SMPIQu Al-Bahjah Al-Maunah menggunakan metode Tashili yang terbagi ke dalam dua sesi utama, yaitu sesi Tahsin dan sesi Tahfidz.

Pada sesi Tahsin, siswa dibimbing untuk memperbaiki bacaan Al-Qur'an dengan pendekatan yang klasik dan individual. Materi yang diajarkan meliputi: pendekatan klasik dan individual, Jilid 1 (Makhraj dan sifat huruf), Jilid 2 dan 3 (Mad), Jilid 4 (Ghunnah), dan Jilid 5 (Waqaf Ibtida' serta Fawatihussuwar). Selain itu, siswa juga mempelajari binnadzor, ghairu ghoiroh, serta hukum-hukum tajwid secara menyeluruh.

Sementara itu, sesi Tahfidz difokuskan pada penguatan hafalan Al-Qur'an melalui beberapa metode seperti musyafahah (tatap muka), takrir dan tasmi' (tugas hafalan), takrir mandiri, murojaah tasmi', dan murojaah mandiri.

Kegiatan tahfidz ini disusun dalam beberapa program rutin yang terstruktur. Pada program harian, kegiatan takrir dan hafalan dilaksanakan selama proses KBM di kelas, sekitar 60-70 menit per hari. Setiap hari, siswa mengikuti dua sesi (Tahsin dan Tahfidz) yang dimulai dengan setoran hafalan sebelumnya dan diakhiri dengan hafalan baru.

Untuk program pekanan, setiap hari Jumat diadakan kegiatan pekan muroja'ah, yaitu pengulangan hafalan pekanan guna memperkuat daya ingat siswa terhadap juz yang telah dipelajari. Sedangkan pada program bulanan, di akhir setiap bulan siswa mengikuti kegiatan simakan hafalan sebagai bentuk evaluasi dan penguatan hasil hafalan selama satu bulan.

Sebagai bagian dari program tahunan, dilakukan evaluasi dalam bentuk ASTS (tes tengah semester), ASAS (tes akhir semester), serta kegiatan khotmil kenaikan juz dan simakan akhir kelulusan. Ini menjadi bentuk apresiasi atas pencapaian hafalan siswa selama mengikuti program tahfidz di SMPIQu Al-Bahjah Al-Maunah.